Будущий выдающийся ученый родится в марте 1875 года. Семья Ганнушкиных (Бориса Михайловича и Ольги Михайловны) проживала в небольшой деревеньке Рязанской губернии. Отец Петра Борисовича был врачом, а после того, как вся семья перебралась в центр губернии, начал работать в гимназии (в эту же гимназию поступил Петр Борисович, когда ему было девять лет). Мать Петра Борисовича была из обедневшего дворянского рода, а потому получила дворянское воспитание и хорошее образование (свободно говорила на нескольких иностранных языках, отлично разбиралась в различных видах искусства).
В Первой рязанской мужской гимназии Петр Борисович учился на отлично и окончил ее в возрасте 18-ти лет с золотой медалью. После успешного окончания школы Петр Борисович поступил в Московский университет для изучения медицины и спустя пять лет окончил его. После окончания университета П.Б. Ганнушкин занимался научной работой, писал статьи. Через четыре года он серьезно занялся психиатрией, учился у Сергея Сергеевича Корсакова и Владимира Петровича Сербского. В возрасте 29 лет Петр Борисович Ганнушкин защитил диссертацию в области психиатрии и получил степень доктора наук.
В течение всей жизни П.Б. Ганнушкин занимался научной деятельностью, работал в психиатрических больницах, активно участвовал в издании медицинских журналов. Ему принадлежит создание уникального авторского подхода к классификации пограничных психических расстройств, составлявших главную область научных интересов Петра Борисовича. Разработанная им классификация стала основанием для широко используемой в современной психологической науке классификации акцентуаций характера Андрея Евгеньевича Личко.
П.Б. Ганнушкин был женат, у него в браке родился сын. П.Б. Ганнушкин ушел из жизни в 1933 году, причиной послужило онкологическое заболевание. Сегодня его именем названа психиатрическая больница и набережная.